¿Qué necesitas resolver sobre las licencias médicas hoy?
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👉 ¿Cuáles son las nuevas sanciones por licencias fraudulentas?
La nueva legislación (Ley Nº 21.531) ha endurecido drásticamente las penas. Se fijan multas altas (de 140 a 600 UTM) y suspensión temporal o definitiva para emitir licencias en casos fraudulentos, además de penas de cárcel de hasta 5 años en el Código Penal para emisores de documentos falsos. Además, la SUSESO habilitó un sistema de denuncias anónimas.
👉 Estado de Licencia Médica en la COMPIN
Es la plataforma oficial donde puedes revisar la licencia médica electrónica (LME). Si la licencia es rechazada, los días de reposo se consideran como ausencias injustificadas, y el empleador está facultado para descontar esos días de la remuneración, salvo que el trabajador apele ante la SUSESO.
👉 Días de Carencia: ¿Cuándo no se pagan los primeros 3 días?
Si una licencia médica dura 10 días o menos, la ley establece que los tres primeros días (carencia) no son subsidiados ni por Fonasa ni por la Isapre. Sin embargo, si la licencia es de 11 días o más, el subsidio se paga completo desde el día 1. Esto es vital al momento de calcular el pago de licencia médica en la liquidación a fin de mes.
Gestionar el ausentismo laboral de manera incorrecta tiene impactos profundos: desde multas por atrasos en la tramitación ante la COMPIN o Isapres, hasta errores graves en el cálculo de remuneraciones y pago de cotizaciones a fin de mes.
En esta guía, explicaremos paso a paso cuáles son las obligaciones del empleador ante la presentación de una licencia médica, qué establecen las normativas actuales, y cómo evitar que la gestión del ausentismo se convierta en una contingencia legal para las empresas.
El Impacto del Ausentismo
Gestionar las licencias médicas no es un evento aislado; es parte integral del ciclo de gestión de personas. Según el Benchmark: Indicadores en Gestión de Personas 2024 elaborado por Buk, el ausentismo representa un desafío mayor de lo que muchas organizaciones dimensionan:
1,4
Licencias Anuales
Promedio de licencias entregadas por colaborador al año.
41,7
Días de Ausencia
Promedio de días que se ausentan los colaboradores con licencia al año.
Estos datos subrayan una realidad ineludible: si las empresas no cuentan con un sistema integrado y automatizado para recepcionar y procesar estos días de ausencia, las probabilidades de error en la liquidación de sueldo se disparan.

¿Qué es una licencia médica y quién puede emitirla?
La licencia médica es un derecho de los trabajadores (dependientes e independientes) afiliados a Fonasa o Isapre. Tiene dos finalidades claras: justificar la ausencia al lugar de trabajo y otorgar el derecho a percibir un Subsidio por Incapacidad Laboral (SIL).
Requisitos para los Profesionales de la Salud
Para que Recursos Humanos pueda tramitar la licencia médica, esta no puede ser firmada por cualquier profesional. Existen reglas estrictas de validación:
| Requisito Legal |
Descripción para Validación |
| Registro Oficial (RNPI) |
Solo pueden emitir licencias los médicos cirujanos, dentistas y matronas que estén inscritos y habilitados en el Registro Nacional de Prestadores Individuales de Salud de la Superintendencia de Salud. |
| Exigencia EUNACOM |
Los médicos con título obtenido o revalidado a partir del 19 de abril de 2009 deben tener aprobado el Examen Único Nacional de Conocimientos de Medicina (EUNACOM), salvo especialistas certificados (CONASEM). |
| Atención por Telemedicina |
La regla general es la licencia electrónica. Si se emite por telemedicina, el profesional debe cumplir con requisitos específicos de plataforma y registro para mantener la trazabilidad. |
Los 6 Tipos de Licencias Médicas en Chile (Tabla Comparativa)
Dependiendo del tipo de licencia médica, el impacto en la empresa varía significativamente, desde la entidad que procesa el pago de licencia medica hasta la generación de fuero laboral.
| Tipo |
Causal de la Licencia |
Institución Tramitadora |
¿Genera Fuero? |
| Tipo 1 |
Enfermedad o accidente común |
COMPIN / Isapre / Caja de Compensación |
No |
| Tipo 2 |
Prórroga medicina preventiva |
COMPIN / Isapre |
No |
| Tipo 3 |
Licencia maternal pre y postnatal |
COMPIN / Isapre |
Sí |
| Tipo 4 |
Enfermedad grave hijo menor de 1 año |
COMPIN / Isapre |
Sí |
| Tipo 5 |
Accidente del trabajo o de trayecto |
Mutualidad / ACHS / ISL |
No |
| Tipo 6 |
Enfermedad profesional |
Mutualidad / ACHS / ISL |
No |
¿Qué es la nueva ley SANNA?
Además de las licencias tradicionales, existe una cobertura especial muy importante para los colaboradores. La ley sanna chile (Seguro para el Acompañamiento de Niños y Niñas) es un seguro obligatorio que permite a los padres o cuidadores ausentarse de su trabajo para acompañar a sus hijos afectados por una condición grave de salud (como cáncer, trasplante, estado terminal o accidente grave).
¿Cuánto cubre la ley SANNA?
A diferencia de una licencia común, la licencia médica sanna otorga el derecho a un subsidio que reemplaza íntegramente la remuneración mensual, asegurando el pago al trabajador durante su ausencia (sujeto a topes legales). Recientemente, los beneficios de la ley sanna se ampliaron, extendiendo los días de permiso (por ejemplo, hasta 180 días en caso de cáncer o trasplante) y aumentando la edad de cobertura de los hijos hasta los 18 años para estas contingencias.
¿Cómo acogerse a la ley Sanna?
Para que un colaborador pueda activar este seguro, la empresa debe tener sus cotizaciones al día. El trabajador debe presentar un informe emitido por el médico tratante a la COMPIN o Isapre, la cual aprobará la emisión de la licencia. Las áreas encargadas de nómina tramitan este documento en el portal con los mismos plazos de 3 días que una Licencia Médica Electrónica (LME) tradicional.
Sanciones y Fiscalización: Licencias Fraudulentas
Las licencias médicas fraudulentas afectan tanto a la empresa como al sistema previsional. Para combatir esto, la normativa (respaldada por la SUSESO) introdujo castigos mucho más duros para los profesionales infractores.
⚠️ Castigos por Fraude y Denuncias
- Multas Altas: Sanciones económicas que van de 140 a 600 UTM.
- Penas de Cárcel: Hasta 5 años de presidio (tipificado en el Código Penal) para emisores de documentos falsos.
- Suspensión: Prohibición temporal o definitiva para emitir nuevas licencias.
- Canal de Denuncia RR.HH: La SUSESO habilitó un sistema de denuncias anónimas y un registro público con el promedio de emisión de cada prestador, donde el empleador puede levantar alertas si sospecha de una licencia medica tramitar fraudulenta.
¿Cómo tramitar una licencia médica? Obligaciones del Empleador
Hoy en día, la regla general es la Licencia Médica Electrónica (LME) a través de portales como IMED, Medipass y Fonasa. Sin embargo, esto no exime a la empresa de su responsabilidad ante la tramitación de la licencia médica.
- El Plazo Crítico (Sector Privado): El empleador tiene un máximo de 3 días hábiles. Dado que la LME es obligatoria, el plazo se activa de forma automática desde que la licencia está disponible en su portal de tramitación (IMED, Medipass, etc.). Para el sector público, el plazo es de 2 días hábiles.
- Multas por atraso: Si Recursos Humanos se atrasa y la Isapre o COMPIN licencia lo detecta, la empresa puede ser sancionada asumiendo el pago íntegro del subsidio del trabajador.
Ejemplos Prácticos: ¿Cuándo te arriesgas a multas y contingencias laborales?
- Atraso en el portal: El trabajador avisa de su licencia médica electrónica un lunes en la tarde. El área de nómina recién completa los datos en el portal de Medipass o IMED el día viernes. Al sobrepasar los 3 días hábiles legales, la empresa podría ser multada y obligada a pagar la licencia de su bolsillo.
- Descuentos mal aplicados: La empresa desconoce que la licencia autorizada es de 11 días (situación donde se elimina la carencia) y, por error del sistema de remuneraciones, le descuenta al trabajador los primeros 3 días en su liquidación. Esto genera una denuncia directa ante la Dirección del Trabajo (DT).
- Cotizaciones impagas: Durante el mes que el trabajador estuvo con reposo médico, la empresa omitió pagar en Previred el Seguro de Cesantía (SIS) y el aporte a la Ley de Accidentes del Trabajo, asumiendo erróneamente que la Isapre pagaba todo.
Estado de Licencia Médica y el "Rechazo" de la COMPIN
Si al realizar una consulta para revisar licencia medica o ver estado de licencia medica se comprueba que el documento fue Rechazado:
- El trabajador debe reincorporarse a sus labores inmediatamente al ser notificado (o cuando finalicen los días si la licencia fue reducida).
- La empresa está facultada para descontar esos días de la remuneración mensual (ya que se convierten en ausencias injustificadas), salvo que el colaborador inicie una apelación formal ante la SUSESO.

Pago de Licencias Médicas: Cálculos y descuentos en la remuneración
El mayor dolor de cabeza es el cruce entre la licencia y el pago licencia medica en la liquidación de sueldo. Existen dos conceptos que Finanzas y RR.HH. jamás deben olvidar:
1. Los Días de Carencia
Si la licencia dura entre 1 y 10 días, los tres primeros días no son cubiertos por la aseguradora (Fonasa o Isapre). Por lo tanto, el trabajador no percibe ingresos por esos tres días y la empresa no tiene la obligación de pagarlos. Si la licencia es de 11 días o más, el subsidio (SIL) se paga de forma completa desde el primer día (es decir, se eliminan los días de carencia).
2. Pago de Cotizaciones Previsionales
Aunque la COMPIN o Isapre paga el sueldo (subsidio) y retiene la AFP y Salud, el empleador debe seguir pagando obligatoriamente el Seguro de Cesantía (SIS) y la cotización de la Ley de Accidentes del Trabajo sobre la base imponible del mes anterior al inicio de la licencia.
Checklist: Auditoría interna para la gestión de licencias
Antes de realizar el cierre mensual de remuneraciones, asegúrate de repasar estos 3 puntos clave para evitar errores legales:
- ✅ Control de Plazos (3 días): ¿Verificaste que todas las Licencias Médicas Electrónicas (LME) recibidas fueron tramitadas en el portal (IMED, Medipass, Fonasa) dentro del límite legal?
- ✅ Revisión de Estados (COMPIN): ¿Revisaste en el portal si existen licencias en estado "Rechazado" o "Reducido" para aplicar el descuento respectivo en la nómina?
- ✅ Regla de Carencia Aplicada: ¿Validaste correctamente en el cálculo del sueldo qué licencias (1 a 10 días) llevan descuento de ingresos y cuáles (11+ días) se pagan de forma íntegra?
