Una licencia médica puede ser rechazada por la COMPIN (Fonasa) o la Isapre por causales médicas, como un reposo injustificado, o por causales jurídicas: presentación fuera de plazo (2 días hábiles en el sector privado), incumplimiento del reposo, trabajar durante la licencia o falsificación. El rechazo se reclama ante la COMPIN y luego ante la Superintendencia de Seguridad Social (SUSESO).
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Causales de rechazo de orden jurídico en licencias médicas
Las causales de rechazo de orden jurídico son incumplimientos de plazos o requisitos formales en la tramitación de la licencia médica, independientes del diagnóstico. Según el artículo 11 del Decreto Supremo N° 3 de 1984 del Ministerio de Salud, el trabajador debe entregar la licencia a su empleador dentro de 2 días hábiles desde el inicio del reposo en el sector privado, y dentro de 3 días hábiles en el sector público. Los trabajadores independientes deben presentarla directamente a la COMPIN o la Isapre dentro de 2 días hábiles. El empleador, por su parte, tiene 3 días hábiles desde la recepción para enviarla a la COMPIN o la Isapre (artículo 13).
La entrega fuera de plazo faculta a la COMPIN o la Isapre para rechazar la licencia (artículo 54). La única excepción es acreditar un caso fortuito o fuerza mayor, siempre que la licencia se presente mientras aún está vigente.
Adicionalmente, el artículo 54 del mismo decreto contempla como motivo determinante de rechazo la presencia de enmiendas, falsificaciones o adulteraciones en el formulario original, sin admitir rectificaciones sobre la misma hoja.
Causales de rechazo de orden médico y cumplimiento del reposo
El rechazo de orden médico se configura cuando los organismos de control determinan que el diagnóstico o los antecedentes clínicos presentados no justifican la incapacidad laboral temporal. Conforme al Libro II, Título VI del Compendio de Normas sobre Licencias Médicas de la SUSESO, las contralorías médicas de la COMPIN o Isapre pueden dictaminar un reposo como «injustificado» si las evaluaciones o peritajes no sustentan la ausencia laboral.
Frente a este dictamen, el procedimiento de reclamos se rige por los artículos 39 y siguientes del Decreto Supremo N° 3 de 1984 del Minsal, requiriendo la presentación de un informe médico complementario sustentado en fichas o exámenes clínicos de respaldo.
Por otro lado, la realización de labores incompatibles invalida el subsidio de incapacidad temporal. El Artículo 55 del D.S. N° 3 del Minsal establece que el ejercicio de cualquier actividad o trabajo (remunerado o no remunerado) durante el período prescrito faculta el rechazo o invalidación inmediata de la licencia médica.
Circular N° 3930 de la SUSESO: rechazo de licencias en papel desde marzo de 2027
La Circular N° 3930 de la SUSESO, del 15 de octubre de 2026, incorpora nuevos supuestos de rechazo para las licencias médicas emitidas en formato papel, vigentes desde el 1 de marzo de 2027. La licencia electrónica es la regla general. El formato papel solo procede por falta de conectividad o de medios tecnológicos, o con autorización previa de la COMPIN.
Desde esa fecha, la COMPIN o la Isapre deben rechazar una licencia en papel en estos casos:
- La emitió un profesional no habilitado para emitir licencias en formato papel.
- Proviene de un talonario bloqueado antes de la fecha de emisión.
- Proviene de un talonario bloqueado por no regularizarse dentro de 60 días corridos.
Las licencias emitidas y pagadas antes del 1 de marzo de 2027 mantienen su validez.
¿Cómo reclamar el rechazo de una licencia médica?
El rechazo de una licencia médica se reclama en instancias sucesivas: primero ante la COMPIN y, si se mantiene, ante la SUSESO. El plazo y el organismo dependen de quién rechazó la licencia.
| Quién rechazó la licencia | Dónde reclamar | Plazo |
|---|---|---|
| Isapre | COMPIN, en milicenciamedica.cl con ClaveÚnica | 15 días hábiles desde la recepción de la resolución (D.S. N° 3, art. 40) |
| COMPIN (primera instancia) | Recurso de reposición ante la COMPIN o apelación ante la SUSESO | [VERIFICAR] |
| SUSESO (dictamen desfavorable) | Recurso de reposición ante la SUSESO, con antecedentes nuevos | 5 días hábiles desde la notificación |
Para reclamar, adjunta la resolución de rechazo, un informe actualizado del médico tratante y los exámenes o la epicrisis que respalden el reposo. Si la licencia es electrónica, no es necesario adjuntar copia del formulario.
¿Se puede rechazar una licencia que extiende el postnatal?
Sí. La COMPIN o la Isapre pueden rechazar las licencias médicas que prolongan el período de cuidado después del parto, en especial la licencia por enfermedad grave del hijo menor de un año. El permiso postnatal parental (las 12 semanas posteriores al postnatal) no es una licencia médica, por lo que no está sujeto a este rechazo.
Licencia por enfermedad grave del hijo menor de un año
Esta licencia (artículo 199 del Código del Trabajo) se rechaza cuando la COMPIN no considera acreditada la gravedad de la enfermedad. En el formulario aparece como “No comprueba enfermedad grave hijo menor de un año”. La apelación se presenta ante la SUSESO en cualquier momento del año, con:
- Resolución de rechazo de la COMPIN.
- Informe amplio y actualizado del médico tratante, con exámenes y procedimientos.
- Copia del carné de control del niño sano.
- Curva de crecimiento, si el diagnóstico es reflujo gastroesofágico.
- Epicrisis, atenciones de urgencia o informes kinésicos, si existen.
Si la madre cede la licencia al padre, la cesión debe constar al momento en que el médico emite la licencia, y la madre debe seguir siendo trabajadora. Si no se cumplen esos requisitos, la licencia puede rechazarse por estar mal extendida.
Postnatal prolongado por enfermedad derivada del parto
Si una enfermedad causada por el parto impide a la trabajadora volver al trabajo al término del postnatal, el descanso se prolonga por el plazo que fije el servicio de salud, previa certificación médica (artículo 196, inciso 3, del Código del Trabajo).
Extensiones legales del postnatal
El postnatal se extiende por ley en dos casos: parto prematuro (antes de la semana 33 de gestación o recién nacido de menos de 1.500 gramos), que otorga 18 semanas de postnatal, y parto múltiple, que suma 7 días corridos por cada hijo a partir del segundo (artículo 196).
Resumen de causales de rechazo de licencias médicas
| Tipo de Causal | Motivo de Rechazo | Base Normativa | Criterio Aplicado |
|---|---|---|---|
| Orden Jurídico | Presentación fuera de plazo legal | D.S. N° 3 de 1984 Minsal (Art. 11 y 13) | Más de 2 días hábiles (sector privado) o 3 días hábiles (sector público) |
| Orden Médico | Reposo considerado injustificado | Compendio SUSESO (Libro II, Título VI) | Falta de antecedentes clínicos o inasistencia a peritajes médicos |
| Incumplimiento de Reposo | Realización de actividades o trabajos | D.S. N° 3 de 1984 Minsal (Art. 55) | Ejecutar labores remuneradas o no remuneradas durante el reposo |
| Administrativo | Irregularidad en talonario físico | Circular N° 3930 de la SUSESO (2026) | Emisión en formularios de papel no registrados o de origen no autorizado |
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